山西省微生物应用技术工程研究中心依托山西师范大学组建，由山西师范大学生命科学学院、食品科学学院、山西鸿泰谷生物科技有限公司、湖北省环境微生物工程技术研究中心、山西汾酒厂股份有限公司联合建设，坚持应用牵引、创新驱动，针对国家、山西省的产业发展需求，研究开发产业技术进步和结构调整急需的关键技术，促进应用微生物技术领域的科技创新和成果转化。本中心在管理委员会和技术委员会的领导下，实行主任负责制，具有健全的管理制度和工作程序。本中心现有固定研究人员55人，其中教授15人，副教授25人，具有博士学位的研究人员47人，其中博士研究生导师3名。

本中心以应用微生物技术为纽带，为“发酵食品大健康产业”和“有机旱作农业”提供服务，同时打造连接“发酵食品大健康产业”与“有机旱作农业”的“绿色制造”产业，形成新的产业集群和产业效应。中心拟建设四个科学研究平台、一个产业服务平台及两个中试基地。四个科学研究平台分别是：食品微生物应用技术研发平台、微生物肥料研发平台、微生物农药研发平台、微生物生态修复研发平台，在我省率先开展酒、醋副产品转化为微生物肥料和微生物农药的研究，而微生物肥料和农药又可以服务有机旱作农业，为“大健康产业”提供绿色和有机产品，实现产业链的全面融合、贯通。

本中心的产业服务平台主要针对山西省应用微生物产业的重大需求，建立以科普、产业人才培养、专业技术培训、产业技术服务为一体的产业服务平台，促进产业群的建立，解决企业遇到的实际问题。

本中心的中试基地主要以技术服务和技术转移为手段，通过产业孵化的方式积极引导社会资金，建立山西省食品微生物新产品开发和微生物生态修复两个应用技术工程产业孵化平台，形成“科技+资本”的产业孵化模式和孵化机制，力争实现可盈利的工程研究中心。